Sim, desde que a empresa tenha Registro de Pessoa Jurídica no CREA.
Então, se a transportadora tem registro no CREA, tem que pagar anuidade.
De acordo com o Eng.º Rubem de Mello só tem que ter cuidado para evitar fraudes e pagar em dobro.
A recomendação é que o boleto seja baixado direto do Site do CREA, dessa forma evitando de pagar boleto falso.